علی فلاحیان در اول فروردین ۱۳۲۸ در نجف آباد اصفهان به دنیا آمد.
وی دانش آموخته مدرسه حقانی و تحصیلات حوزوی در سطح خارج فقه و اصول است. وی از مبارزین علیه رژیم پهلوی بود و با پیروزی انقلاب اسلامی به دلیل ارتباطی که با شهید مظلوم آیت‌الله بهشتی داشت، به حزب جمهوری اسلامی پیوست.
با شروع جنگ تحمیلی در جبهه های دفاع مقدس شرکت کرد و به فرماندهی کل کمیته انقلاب اسلامی و سپس قائم مقام دادستان انقلاب وقت کل کشور منصوب شد. پس از آن با حکم امام و حفظ سمت اولین دادستان ویژه روحانیت شد. وی ریاست دفتر بازرسی فرماندهی کل قوا در زمان جنگ و عضویت در شورای سیاست‌گذاری صداوسیما را نیز تجربه کرد و از مؤسسین وزارت اطلاعات است که پس از مدتی قائم مقامی این وزارتخانه را بر عهده گرفت.
فلاحیان وزیر اطلاعات در دو دوره دولت هاشمی رفسنجانی بود و از سومین دوره فعالیت مجلس خبرگان رهبری تا به حال، نمایندگی مردم استان خوزستان را در این مجلس بر عهده دارد. مدتی نیز در شورای عالی امنیت ملی عضویت داشت. همچنین ریاست بنیاد مسکن، فرماندهی کمیته انقلاب خوزستان و حاکم شرعی دادگاه‌های انقلاب خرمشهر، آبادان، باختران و مشهد را در کارنامه خود دارد.
اسفند سال ۸۶ و در آستانه انتخابات مجلس هشتم، «جبهه متحد اصولگرایان مترقی» را تشکیل داد و سال ۹۱ نیز، عضو شورای مرکزی «جمعیت فدائیان اسلام» شد که مجدداً احیا شده است. وی دانشگاه امام محمدباقر(ع) را در خوزستان احداث کرد و در سال‌های اخیر دو مجتمع فرهنگی برای آموزش علوم دینی در تهران راه‌اندازی کرده است.